La Dirección Administrativa y Financiera de la Secretaria de Salud, es la Dependencia de apoyo a los procesos misionales de la Secretaria. Su rol principal es la de gestionar los recursos con destino a la salud del departamento, de conformidad con los lineamientos trazados por la Secretaria General y de Hacienda. Asimismo, administra el talento humano de la Secretaria y se encarga de garantizar el suministro de bienes y servicios, destinados a la prestación del Servicio de Salud.

La Dirección Administrativa y Financiera de la Secretaria de Salud, lleva en cuentas separadas especiales del presupuesto departamental, los recursos financieros provenientes del Sistema General de Participaciones y de rentas cedidas con destino a la salud del departamento, garantizando los recursos a los procesos administrativos y misionales de la Secretaria. De igual manera, aplica las políticas de administración de personal, bienes y servicios de la Secretaria.