La Dirección de Contabilidad del Departamento tiene como propósito garantizar la organización, registro y consolidación de la información financiera, conforme a las normas del Plan General de Contabilidad Pública y la Contaduría General de la Nación. Sus funciones incluyen la preparación y presentación oportuna de los estados financieros, la supervisión de conciliaciones bancarias, la coordinación contable con entidades descentralizadas y fondos sectoriales, el establecimiento de procedimientos internos, el cumplimiento de obligaciones tributarias y la rendición de cuentas ante los entes de control, contribuyendo así a la transparencia, eficiencia y adecuada toma de decisiones en la gestión financiera departamental.